Внутри находятся маленький зародыш и эндосперм. Зародыш состоит из первичной меристемы и имеет зачатки вегетативных органов будущего растения: зародышевый корешок с корневым чехликом, корневое влагалище — колеоризу, зародышевый стебелек (гипокотиль) и почечку, в которой хорошо заметен конус нарастания стебля, прикрытый зародышевыми листьями. Наружный зародышевый лист называют колеоптилем. Он защищает почечку при прохождении через почву.

Единственная семядоля прилегает к эндосперму, ее называют щитком. На стебельке со стороны, противоположной щитку, расположен эпибласт, представляющий собой вторую редуцированную семядолю (у некоторых злаков эпибласт не образуется). Эндосперм в периферической части имеет ряд клеток, содержащих гранулы белка — алейроновые зерна. Это алейроновый слой.

Клетки под ним (в центре зерновки) заполнены сложными крахмальными зернами. Семена с запасными продуктами в зародыше. Примером семени с запасными продуктами в зародыше служит семя фасоли. Снаружи имеется довольно толстая спермодерма.

На узкой вогнутой стороне семени находится рубчик — место прикрепления семени к семяножке. На одной линии с рубчиком расположено микропиле, через которое вода и газы поступают внутрь семени. Небольшой бугорок над микропиле образован зародышевым корешком. С противоположной от микропиле стороны к рубчику примыкает семенной шов — след от срастания семязачатка с семяножкой.

Под спермо-дермой находится зародыш, состоящий из двух крупных семядолей почковидной формы, зародышевого корешка, зародышевого стебелька и почечки. Эндосперма в семени нет. Питательные продукты эндосперма были поглощены зародышем. Клетки семядолей заполнены крахмальными и алейроновыми зернами.