Смежные слои могут иметь различные показатели преломления и поэтому видны под микроскопом. Слоистость бывает концентрической и эксцентрической. С ростом крахмального зерна объем стромы амилопласта уменьшается, и в определенный момент слой ее становится настолько тонким, что неразличим под световым микроскопом. Надо помнить, что двухмембранная оболочка и тонкий слой стромы всегда присутствуют на поверхности зерна вторичного крахмала (см. рис. 12). Если в амилопласте имеется один образовательный центр, то формируется простое зерно, если два и более — сложное зерно, состоящее как бы из нескольких простых.

Полусложное зерно образуется в том случае, если крахмал сначала откладывается вокруг нескольких образовательных центров, а затем после соприкосновения простых зерен вокруг них возникают общие слои. Размер крахмальных зерен колеблется в больших пределах. Так, у картофеля диаметр их достигает 100 мкм, у пшеницы и ржи бывают мелкие зерна диаметром 2—9 мкм и крупные диаметром 30—45 мкм, у кукурузы — диаметром 5—30 мкм. Форма, размер, структура крахмальных зерен специфичны для каждого вида растения, а иногда и для сорта. Это обстоятельство используют при анализе состава муки.

Капли жирного масла имеют сферическую форму, накапливаются в гиалоплазме. Число и размер их в клетках колеблются. Капли жирного масла содержатся в клетках всех органов, но наиболее богаты ими семена и плоды.